软下疳不经治疗的自然病程可持续数月小的病损可在2-4周内愈合。由于出现了对磺胺和四环素，氯霉毒等耐药菌株使软下疳的治疗有些困难。
一全身治疗:
（1）红霉素利君沙，罗红霉素，阿齐霉素；
（2）头孢曲松钠治菌必妥，乐施福定，特灭菌；
二局部治疗：
（1）未破溃的丘疹或结节外用鱼石脂，红霉素软膏。
（2）溃疡用1/5000高锰酸钾或双氧水冲洗，然后，外用红霉素软膏因软下疳。易于自身接种应做好局部清洁消毒。
（3）淋巴脓肿；穿刺应在远处正常皮肤刺入脓腔抽吸脓液。
三合并HIV感染的处理
这类患者有溃疡愈合更慢疗程要更长，短程治疗往往失败，应用两种以上抗生素联合用药，有条件时应从病灶中分离杜克雷嗜血杆菌作抗生素敏感试验。
治疗3-7天后应对患者进行再次检查，若治疗有效，3日内溃疡症状即有改善7日内溃疡即可见明显愈合。否则，应考虑：诊断是否正确是否同时合并另一种STDs病原体感染；是否同时有HIV感染；或杜克雷嗜血杆菌是否对抗生素耐药。通常，溃疡愈合的时间和溃疡大小有关较大的溃疡可能需要两周才能愈合。